Le bassin de la Charente a une grande variété d’habitats liés aux zones humides des eaux à la fois douces et  salées.
La diversité des milieux naturels (frange littorale, estuaire, marais, prairies humides, boisement de feuillus, plateau karstique, grottes,…) participe de la diversité des espèces locales. Les pratiques humaines mettent aujourd’hui en péril, leurs vitalité, richesse, originalité.
Les rejets polluants, le développement de l’eutrophisation, la sévérité et la récurrence des étiages, l’érosion des berges, le colmatage des lits, la disparition de la ripisylve, l’évolution de l’occupation des sols,… sont autant de  facteurs à l’origine de cette dégradation. Malgré ces difficultés, le bassin conserve encore des zones remarquables (fonds de vallée, zones  tourbeuses,…) et des actions de réhabilitation sont entreprises pour reconquérir la qualité et la diversité de ces milieux et espèces.
Le bassin versant de la Charente est doté d’une grande richesse écologique liée à la présence d’une vaste étendue maritime, l’existence d’importantes  zones humides et de marais et des concentrations humaines de petites tailles et réparties harmonieusement sur le territoire.
Cette réalité se traduit par l’inscription de  prés de (…%) du territoire en zones préservées.

Classements et définitions

Zones humides

«  Les zones humides se caractérisent par la présence, permanente ou temporaire, en surface ou à faible profondeur dans le sol, d’eau disponible douce, saumâtre ou salée. Souvent en position d’interface, de transition, entre milieux terrestres et milieux aquatiques proprement dits, elles se distinguent par une faible profondeur d’eau, des sols hydromorphes ou non évolués, et/ou une végétation dominante composée de plantes hygrophiles au moins pendant une partie de l’année. Enfin, elles nourrissent ou abritent de façon continue ou momentanée des espèces animales inféodées à ces espaces. Les zones humides correspondent aux marais, marécages, fondrières, fagnes, pannes, roselières, tourbières, prairies humides, marais agricoles, landes et bois marécageux, forêts alluviales et ripisylves marécageuses, mares y compris les temporaires, étangs, bras morts, grèves à émersion saisonnière, vasières, lagunes, prés salés, marais salicoles, sansouires, rizières, mangroves, etc. Elles se trouvent en lisière de sources, de ruisseaux, de fleuves, de lacs, en bordure de mer, de baies, et d'estuaires, dans les deltas, dans les dépressions de vallées ou dans les zones de suintement à flanc de collines. » (BARNAUD, 1991).

> Les zones humides et la législation

La Loi sur l’eau de 1992 a constitué le point de départ de l’incorporation des zones humides dans le corpus législatif français. Elle impose un certain nombre de règles liées au drainage, à l’assèchement, à la mise en eau ou remblai des zones humides (rubriques 3310, 3320 et 3220 – Décret n° 2006-881 d u 17 Juillet 2006).
D’autres textes ont suivi, témoignant de l’évolution de la perception des zones humides. Citons par exemple :
- La Loi d’orientation agricole du 9 juillet 1999 (n° 99 – 574) : l’article 1er précise que la politique agricole doit « prendre en compte les situations spécifiques […] aux zones humides précisément délimitées dont les particularités nécessitent la mise en place d’une politique agricole spécifique » ;
- La Loi d’orientation agricole du 5 janvier 2006 (n°2006 – 11) marque la volonté de l’Etat à « soutenir le maintien des activités traditionnelles et économiques, dans les zones humides, qui contribuent à l'entretien des milieux sensibles » (art. 88) ;
- Les arrêtés préfectoraux relatifs au 3ème programme d’action lié à la Directive Nitrates (91/676/CEE) prévoient, pour tous les départements bretons, des  rescriptions spécifiques sur les zones humides (ex : interdiction de remblaiement et de drainage).
Mais c’est la Loi relative au Développement des Territoires Ruraux du 23 Février 2005 (n° 2005 – 157) qui offre les perspectives les plus intéressantes. L’article 127-II énonce que la préservation et la gestion durable des zones humides sont d’intérêt général et note l’obligation de cohérence entre les diverses politiques publiques tenant place sur ces territoires (en terme d’aménagement rural et d’aides publiques). Elle propose, en outre, un certain nombre de nouveautés majeures pour le maintien des zones humides.
Le droit communautaire participe également à la reconnaissance des zones humides via la Directive Cadre sur l’Eau du 23 Octobre 2000 (DCE) qui vise entre autre à prévenir toute dégradation supplémentaire, préserver et améliorer l’état des écosystèmes dont les zones humides, explicitement citées à l’article 1er. Elle place d’ailleurs la recréation et la restauration des zones humides parmi les mesures complémentaires pouvant être conduites dans les districts hydrographiques (DCE, annexe IV).

• Marais côtier et d’accompagnement de la Charente

Cet ensemble comprend :
-    les marais doux endigués de Rochefort (ancienne baie marine comblée par des alluvions argileuses) qui couvrent environ 18 000 ha dominés par des prairies humides bocagères ;
-    les marais de la slikke de l’estuaire charentais et de l’anse de Fouras (5 000 ha). Ces milieux ont fortement évolué sous l’effet des activités anthropiques. Ils sont caractérisés par la présence de marais salés, anciens marais salants qui en réalité sont peu présents dans l’estuaire de la Charente, et de marais doux de fonds de vallées submersibles, mouillés ou asséchés. Les fonds de vallées mouillés sont occupés par des prairies permanentes et des peupleraies parcourues par un réseau de fossés intéressant d’un point de vue piscicole. Les fonds de vallées asséchés sont situés en bordure de terres hautes.  Ils sont exploités par une agriculture intensive et n’assurent pas de rôle aquatique.

• ZICO (Zones Importantes pour la Conservation des Oiseaux) ou IBA (Important Bird Areas)

Les Zones Importantes pour la Conservation (ZICO, ou Important Bird Areas, IBA) sont des surfaces qui abritent des effectifs significatifs d'oiseaux, qu'il s'agisse d'espèces de passage en halte migratoire, d'hivernants ou de nicheurs, atteignant les seuils numériques fixés par au moins un des trois types de critères :
- A : importance mondiale
- B : importance européenne
- C : importance au niveau de l'Union Européenne
La base de données ZICO, gérée par la LPO, intègre les informations relatives à la description des sites, telles que la liste des communes concernées, le statut de propriété et de protection, les milieux, les activités humaines, les menaces et les effectifs des espèces d'oiseaux présentes.
L'inventaire des ZICO constitue une source d'informations relatives au statut des espèces patrimoniales, des habitats qu'elles occupent et des mesures de conservation qui y sont appliquées. Par cela, il joue un rôle clé dans le cadre d'un observatoire national de l'avifaune menacée et constitue la référence pour toute nouvelle désignation des Zones de Protection Spéciales.

• ZNIEFF

Le sigle signifie : Zone Naturelle d'Intérêt Ecologique, Faunistique et Floristique. Une ZNIEFF est un secteur du territoire particulièrement intéressant sur le plan écologique, participant au maintien des grands équilibres naturels ou constituant le milieu de vie d’espèces animales et végétales rares, caractéristiques du patrimoine naturel régional.
On distingue deux types de ZNIEFF :
- les ZNIEFF de type I, d’une superficie généralement limitée, définies par la présence d’espèces, d’associations d’espèces ou de milieux rares, remarquables ou caractéristiques du patrimoine naturel national ou régional ( XXX en Bretagne) ;
- les ZNIEFF de type II qui sont des grands ensembles naturels riches et peu modifiés, ou qui offrent des potentialités biologiques importantes. Les zones de type II peuvent inclure une ou plusieurs zones de type I.
L’inventaire des ZNIEFF identifie, localise et décrit les sites d’intérêt patrimonial pour les espèces vivantes et les habitats. Il rationalise le recueil et la gestion de nombreuses données sur les milieux naturels, la faune et la flore. Etabli pour le compte du Ministère de l’environnement, il constitue l’outil principal de la connaissance scientifique du patrimoine naturel et sert de base à la définition de la politique de protection de la nature. Il n’a pas de valeur juridique directe mais permet une meilleure prise en compte de la richesse patrimoniale dans l’élaboration des projets susceptibles d’avoir un impact sur le milieu naturel. Ainsi, l'absence de prise en compte d'une ZNIEFF lors d'une opération d'aménagement relèverait d'une erreur manifeste d'appréciation susceptible de faire l'objet d'un recours. Les ZNIEFF constituent en outre une base de réflexion pour l'élaboration d'une politique de protection de la nature, en particulier pour les milieux les plus sensibles : zones humides, landes, etc.

• Réserve naturelle

Elle permet de réglementer ou d’interdire toute action susceptible de nuire au développement de la flore ou de la faune. Les modifications du milieu sont interdites sauf autorisation ministérielle. Une politique de gestion de la réserve est définit par un comité consultatif.

• Réserve naturelle volontaire

A l’initiative de (ou des) propriétaires, personnes physiques ou morales, ce sont des sites ou la faune et la flore sauvages présentent un intérêt sur le plan scientifique et écologique.

• Arrêté de protection biotope

L’objectif est d’assurer la pérennité des milieux originaux indispensables à la sauvegarde de nombreuses espèces végétales et animales. L’arrêté est pris par le Préfet.

• Site inscrit

C’est un outil de préservation du paysage bâti et non bâti, suppose que le Maire sollicite l’avis d’architecte des bâtiments de France avant de délivrer une autorisation. Un site est inscrit par arrêté du Ministère chargé de l’environnement.

• Site classé (loi de 1930)

C’est le moyen d’assurer la protection d’un site exceptionnel. Tout projet important susceptible de modifier l’état du site est soumis à autorisation ministérielle. Les autres projets sont autorisés par le Préfet sur avis de l’architecte des bâtiments de France. Un site est classé par arrêté en Conseil d’Etat.